refactor: 重构项目结构，将geo_tools重命名为app并更新相关引用

- 将主包名从geo_tools改为app
- 更新所有模块中的引用路径
- 迁移并更新测试用例
- 添加项目规则文档
- 保持原有功能不变，仅进行结构调整

app/config/settings.py

@@ -0,0 +1,98 @@
+"""
+geo_tools.config.settings
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+全局配置，通过 Pydantic BaseSettings 从环境变量 / .env 文件加载。
+
+使用方式
+--------
+>>> from geo_tools.config.settings import settings
+>>> print(settings.default_crs)
+'EPSG:4326'
+"""
+
+from __future__ import annotations
+
+import multiprocessing
+from pathlib import Path
+
+from pydantic import field_validator, model_validator
+from pydantic_settings import BaseSettings, SettingsConfigDict
+
+
+class GeoToolsSettings(BaseSettings):
+    """全局运行时配置。
+
+    所有字段均可通过前缀为 ``GEO_TOOLS_`` 的环境变量覆盖，
+    或在项目根目录创建 ``.env`` 文件（参考 ``.env.example``）。
+    """
+
+    model_config = SettingsConfigDict(
+        env_prefix="GEO_TOOLS_",
+        env_file=".env",
+        env_file_encoding="utf-8",
+        case_sensitive=False,
+        extra="ignore",
+    )
+
+    # ── 目录配置 ──────────────────────────────────────────────
+    output_dir: Path = Path("output")
+    """处理结果输出目录（相对路径相对于当前工作目录）。"""
+
+    log_dir: Path = Path("logs")
+    """日志文件目录。"""
+
+    # ── 坐标系配置 ────────────────────────────────────────────
+    default_crs: str = "EPSG:4490"
+    """默认地理坐标系，使用 EPSG 代码字符串。
+    常见值：
+    - ``EPSG:4326``  — WGS84 经纬度
+    - ``EPSG:4490``  — CGCS2000 经纬度（中国国家标准）
+    - ``EPSG:3857``  — Web Mercator
+    """
+
+    # ── 日志配置 ──────────────────────────────────────────────
+    log_level: str = "ERROR"
+    """日志等级：DEBUG / INFO / WARNING / ERROR / CRITICAL。"""
+
+    log_to_file: bool = True
+    """是否同时将日志写出到文件。"""
+
+    # ── 性能配置 ──────────────────────────────────────────────
+    max_workers: int = 0
+    """并行处理最大 CPU 核数，0 表示自动检测（使用 CPU 核数 - 1）。"""
+
+    # ── 校验器 ────────────────────────────────────────────────
+
+    @field_validator("log_level")
+    @classmethod
+    def validate_log_level(cls, v: str) -> str:
+        allowed = {"DEBUG", "INFO", "WARNING", "ERROR", "CRITICAL"}
+        upper = v.upper()
+        if upper not in allowed:
+            raise ValueError(f"log_level 必须是 {allowed} 之一，收到：{v!r}")
+        return upper
+
+    @field_validator("default_crs")
+    @classmethod
+    def validate_crs(cls, v: str) -> str:
+        # 简单前缀校验，完整校验在 validators.py 中通过 pyproj 完成
+        v = v.strip()
+        if not v:
+            raise ValueError("default_crs 不能为空")
+        return v
+
+    @model_validator(mode="after")
+    def resolve_max_workers(self) -> "GeoToolsSettings":
+        if self.max_workers <= 0:
+            cpu_count = multiprocessing.cpu_count()
+            self.max_workers = max(1, cpu_count - 1)
+        return self
+
+    def ensure_dirs(self) -> None:
+        """创建输出和日志目录（幂等）。"""
+        self.output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+        self.log_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+
+# 模块级单例，项目内统一引用
+settings = GeoToolsSettings()