refactor: 重构项目结构，将geo_tools重命名为app并更新相关引用

- 将主包名从geo_tools改为app
- 更新所有模块中的引用路径
- 迁移并更新测试用例
- 添加项目规则文档
- 保持原有功能不变，仅进行结构调整

.trae/rules/geo_rules.md

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+# Geo-Tools 项目特定编码规范
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+## 地理数据处理黄金法则
+1. **投影先行**：任何涉及距离、面积的计算前，必须先检查 CRS，若是地理坐标系(如 EPSG:4326)，必须提示用户或自动调用 `suggest_projected_crs` 转换。
+2. **几何清洗**：任何接收用户输入的 GeoDataFrame 的公开方法，内部必须包含 `gdf = gdf[gdf.is_valid]` 或 `make_valid()` 的处理逻辑，防止脏数据导致底层 C 库崩溃。
+3. **内存控制**：读取大文件函数需要提供 `mask` (裁剪范围) 或 `rows` (读取行数限制) 参数。
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+## 代码风格
+- 空间操作函数返回新的 GeoDataFrame，尽量不修改原始输入数据（Immutable）。
+- 使用 `pathlib.Path` 处理所有文件路径，而不是字符串拼接。